南通市政府内部部门复杂繁多，其中包含办公室、人事处、政策法规处、规划与信息处、财务处、体制改革处(省医改办)、卫生应急办公室、疾病预防控制处(省爱卫办)、医政医管处、中医药管理局、基层卫生处、妇幼健康服务处、食品安全标准与监测评估处、综合监督处、药物政策与基本药物制度处、计划生育基层指导处、计划生育家庭发展处、流动人口计划生育服务管理处、宣传处等。

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